没想到赵贞吉依旧不买账，直接问道：“陛下要任命吏部尚书，臣想问问，首辅兼领吏部，要多长时间？”
朱载坖道：“朕找到合适人选之后，自然会任命吏部尚书的。”
这下把赵贞吉给整无语了，朱载坖这算是以皇帝之尊出来给高拱背了书，即便是科道的那些官员们再怎么上疏，朱载坖和高拱都不为所动，而且很快这些言官就不敢炸刺了，因为朱载坖应吏部左侍郎沈鲤的奏请，决定再次举行大计，对于大明内外官员进行考核，由吏部和都察院负责组织。
同时内阁首辅高拱总领其事，这下这帮言官们一下子不话了，因为大计可不是着玩的，黜退官员，永不叙用，不是其他的贬谪，为了自己的仕途，这帮言官还是主动闭嘴了。
朱载坖也在和内阁、相关的部院商量这次大计的事情，朱载坖认为，上一次的大计，主要是为了裁汰朝廷中的昏官、庸官，这次的大计主要是针对朝廷新政的执行力度问题，将那些执行朝廷新政不力的官员予以黜退，督促各级官员对于朝廷新政的执行力度。
同时要对于朝廷各衙门的账目予以审计，这方面由户部和都察院负责，之前提督钞关鄢懋卿和总理盐政王国光上疏，要求在朝廷账目中实行连环四柱账目法，以杜绝贪污等情形。
与传统的四柱账目不同，新的账目实施进、缴、存、该四个部分，按照鄢懋卿、王国光的奏疏所陈奏的，使用这种新式记账法：“其妙处在一收一付，一该一存。凡货物出入，经我手者，必有来历去处。我该即彼存，彼该即我存；我收即彼付，彼收即我付；无彼我之可指者，如买物，则物该银款，银款存某物，所谓连环也。朝廷审计时，所该必与所存相符，如有不符，即是错误，即查明更正。”
改变了朝廷过去使用流水账，不易审计，吏从中作弊的情形，朱载坖在和内阁户部商量之后，决定在大明朝廷内斗使用这种连环四柱账目，这次大计，也是朝廷第一次将审计引入大计中，之前大明朝廷的审计一般发生在官员离任上任时，但是这次朱载坖将审计也加入对官员的大计之中，由户部审核下各布政使司藩库的账目，各布政使司和按察使司审核下辖州县的账目。
而都察院则负责审核户部和朝廷各部院的账目，同时对于地方账目有疑问的，都察院和其派出外差的巡按御史，也可以对这些州县的账目予以立即调阅审核，发现不对的，都察院予以立刻纠劾。
当然，新式的记账办法的推广不是那么简单的，朱载坖首先命令国子监算学科增加招收的生员人数，从一年招收四百人增加到八百人，现在国子监算学可是热门专业，算学毕业的生员，可以直接被授予流外一等吏员，只需要等待考满之后参加吏部组织的吏员考选就行了，而且有国子算学出身的吏员，很容易就通过考选，从流外经制吏专为流内官，而且一旦转为流内官，就可以调任户部、甚至都察院审计司这样的实权衙门，出路非常之好，所以报考人数非常之多。
除了增加国子算学的招生人员之外，朱载坖还要去鄢懋卿、王国光等人组织编写教材，教授朝廷内部的吏员学会新式记账法，全面推开新式记账法。
而借着这次大计，朱载坖也在进行官员们的调整，朱载坖首先调整的就是总督河漕衙门，现在高家堰筑成，剩下的就是继续加固地方，而朱载坖担心的黄河河南段频繁的出现各种水患，所以朱载坖将原本的总督河漕衙门分开，还是分为总督河道和总督漕运衙门。
潘季驯以工部尚书兼右都御史总督河道，驻节开封，负责黄河河南段的治理，朱衡以工部尚书总督漕运，驻节淮安，负责运河相关事务。
同时经由张居正的密疏推荐，任命原巡抚河南右副都御史郭朝宾为工部尚书，这位也是心学门徒，和徐阶、李春芳、赵贞吉都关系非常之紧密。除了这些事情之外，朱载坖还在思考内阁的权限问题。
现在的内阁是大庶务，无所不管，权力是非常之大的，不管首辅是否兼领吏部，现在内阁已经是势压六部了，成为了六部的上级，朱载坖认为这无可厚非，内阁要负责协助皇帝处理政务，没有权力可不行，但是朱载坖对于内阁权力的过于宽泛，还是有些看法的。
朱载坖认为应该对于内阁的权限做一些限制，主要是有关军务的事情，朱载坖认为不应该由内阁决定，这是皇帝最重要的权力之一，绝对不能落于他人之手，同时朱载坖对于现在大明的指挥体系也是极为不满的。
在现行体系下，从兵备道到督抚然后是兵部，最后到内阁，已经形成了一个完整的由文臣主导的指挥体系，无论是勋臣武将，还是作为大明最高军事机关的五军都督府，都已经被排除在了这个指挥体系之外，大明的军政，完全由这些文官们把持了，这是朱载坖所不能容忍了。
之前朱载坖故意将清理军籍的事情交给了五军都督府，就是为了开始恢复五军都督府的权力，为重新组建大明的指挥体系做准备。
但是朱载坖现在需要一个引子，作为开启改革的借口。
谭纶和戚继光很快为朱载坖提供了这个借口，新任兵部尚书总督蓟辽大宁等处军务事谭纶上疏，陈述有关土蛮部的相关事情，现在由于打来孙去世，其继任者图们汗在土蛮部缺乏威望，不能够统御土蛮诸部，现在土蛮已经是各自为战了，这些部落经常袭扰大明，还有兀良哈部花当之曾孙,革兰台之子董狐狸，也寇边犯境，袭扰蓟镇、大宁，谭纶请求官军出塞击敌，反击土蛮和兀良哈部。
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