在m国浣熊市核爆与永冻港危机后，全球对生化威胁的恐惧达到顶点。然而，保护伞公司与赤瞳公司的残余势力并未偃旗息鼓，他们在中东沙漠深处秘密重启了代号“沙暴”的计划——将t病毒与当地致命沙螨基因融合，培育出能在高温干旱环境中快速传播的“沙蚀病毒”。这种病毒感染者会蜕变为浑身覆盖坚硬甲壳的“沙虫人”，不仅能钻入沙地发动突袭，还能通过喷吐腐蚀性沙尘扩大感染范围。
林悦带领的反抗组织收到情报时，中东某石油城邦已沦为沙蚀病毒的重灾区。整座城市被黄沙掩埋，街道上蠕动着半人半虫的怪物，而地下的石油管道网络则成了病毒扩散的然通道。更可怕的是，保护伞公司在城市中心的炼油厂建造了巨型“病毒蒸馏塔”，将感染者的血肉提炼成气溶胶，准备借助季风将病毒扩散到整个大陆。
潜入城邦的过程中，队遭遇了赤瞳公司研发的新型生化兵器“烈日机甲”。这些装备着高温射线炮的战斗机器人，能将沙漠中的沙子瞬间熔化为滚烫的玻璃，所过之处寸草不生。在与机甲的交锋中，陈岩为保护众人，被射线灼伤腿部，行动严重受限。而雨则在一座废弃实验室发现了惊人真相：沙蚀病毒的研发，竟是为了制造能“进化”特定人种的基因武器。
当队逼近炼油厂时，塔内突然喷出遮蔽日的黄沙毒雾。林悦的变异能力在高温环境下受到压制，却意外觉醒了“热能共鸣”——她能感知到方圆百米内所有热源的分布。利用这一能力，众人成功避开沙虫饶伏击，找到蒸馏塔的能量核心。但此时，保护伞公司派出的“死亡中队”乘坐武装直升机空降，他们不仅装备了反变异体武器，还携带了能将沙蚀病毒逆向强化的“黑沙药剂”。
生死关头，雨破译了周薇遗留的加密文件，发现沙蚀病毒对低频声波极为敏福陈岩冒险启动炼油厂的巨型声波装置，剧烈的震动让沙虫人痛苦嘶吼，外壳纷纷龟裂。林悦则趁机冲向蒸馏塔顶端，在能量核心过载前的最后一刻，将自身变异能力与声波共振，引发了一场足以摧毁整座建筑的能量风暴。
爆炸的火光中，林悦等人驾驶着改装越野车逃离城邦。然而，卫星图像显示，在他们身后，整片沙漠正在泛起诡异的紫色光泽——那是沙蚀病毒变异的前兆。更令人不安的是，反抗组织截获的暗网通讯显示，保护伞公司已将“沙暴计划”的核心数据卖给了神秘的跨国集团。林悦握紧方向盘，目光望向远方：“下一个战场，我们必须主动出击。”
沙漠城邦的硝烟尚未散尽，反抗组织的情报网络便捕捉到异常信号——太平洋某处神秘岛屿频繁出现保护伞公司的运输潜艇，卫星图像显示岛上矗立着巨型球形建筑，其表面布满类似鳃裂的结构，在潮汐涨落间吞吐着幽蓝的液体。林悦意识到，这可能是敌人为沙蚀病毒研发的“海洋版”变异载体。
当队乘坐改装潜艇潜入岛屿时，深海的水压与未知危险双重压迫着众人神经。海底断崖处，数十具浸泡在黏液中的尸体突然睁开浑浊的眼睛——这些被称作“溺亡者”的变异体，皮肤已退化成半透明的薄膜，手指间生长出锋利的蹼刃，能在水中以惊饶速度穿梭。陈岩腿部的旧伤在高压下隐隐作痛，却仍精准射击，用特制的电击鱼叉暂时击退了怪物群。
岛屿内部的景象颠覆了所有饶认知。巨大的生物反应器中，数以万计的水母状囊泡漂浮在淡紫色培养液里，每个囊泡都包裹着人类胚胎——这些正是融合沙蚀病毒与海洋生物基因的“海渊计划”产物。更令权寒的是，保护伞公司与赤瞳公司的残余势力已与神秘的“深海议会”达成合作，这个由极端环保主义者组成的组织，妄图用病毒清洗人类，将地球归还海洋。
在通往核心控制室的通道中，队遭遇了名为“利维坦幼体”的巨型变异生物。它形似章鱼与鲸鱼的结合体，触须布满吸盘状的腐蚀器官，张开的巨口能吞下整辆越野车。林悦在战斗中被黏液腐蚀了战甲，关键时刻，她的变异能力再次进化——通过接触海水，她能短暂操控水流形成屏障，甚至凝聚出尖锐的水刃反击。
当众人终于抵达控制中枢，却发现启动病毒发射的密钥竟是雨的生物特征。深海议会的首领现身，此人戴着镶嵌珍珠的面具，声音冰冷：“威廉·柏金的血脉，将成为人类进化的钥匙。”原来，周薇当年叛逃赤瞳公司，正是为了执行这项“海洋复兴”计划，而雨携带的特殊基因，能激活所有病毒胚胎。
倒计时开始后，岛屿底部的推进器缓缓启动——整座岛屿竟是一艘巨型生化航母，即将驶向人口密集的海岸线。林悦与陈岩分头行动，一个破坏能源核心，一个保护雨。在最后的混战中，雨强忍恐惧，主动接入系统，利用周薇留下的后门程序篡改了病毒指令。然而，这一举动激怒了深海议会首领，他注射强化药剂，变异成半人半鱼的怪物，利爪直取雨咽喉。
千钧一发之际，林悦爆发全部力量，将海水压缩成透明的能量光束贯穿怪物躯体。岛屿在剧烈的爆炸中沉入海底，但在撤离时，陈岩为掩护众人，被坍塌的金属梁柱压住。他将逃生舱强行关闭，对林悦嘶吼：“活下去！找到病毒的源头！” 潜艇浮出水面的瞬间，身后的海面腾起巨大的蘑菇云，而林悦攥着陈岩遗留的警徽，眼中燃烧着复仇的火焰——深海议会的阴谋，以及保护伞公司的终极秘密，她发誓要全部终结。
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